Ia dituduh memiliki hubungan dekat dengan tokoh-tokoh kiri dan laskar rakyat yang terlibat pemberontakan. Walau tidak pernah terbukti secara hukum dan tidak ada proses peradilan yang menyatakan keterlibatannya, Soesalit harus menjalani tahanan rumah.
Presiden Soekarno kemudian membebaskannya, namun ia tidak lagi memegang jabatan sebagai panglima. Ia dipindahkan menjadi perwira staf Angkatan Darat dan bertugas di Kementerian Pertahanan Republik Indonesia.
Baca Juga: Peringati Hari Kartini, Frontliner BRI BO Kendari Bypass Kenakan Baju Adat Layani Nasabah
Pada tahun 1950, Soesalit dipercaya sebagai Kepala Penerbangan Sipil. Beberapa tahun kemudian, dalam kabinet Ali Sastroamidjojo, ia ditunjuk menjadi Penasihat Menteri Pertahanan yang saat itu dijabat oleh Iwa Kusumasumantri.
Soesalit Djojoadhiningrat meninggal dunia pada tanggal 17 Maret 1962. Ia dimakamkan di kompleks makam RA Kartini yang terletak di Desa Bulu, Kecamatan Bulu, Kabupaten Rembang. Namanya tidak pernah tercatat sebagai veteran resmi karena dugaan masa lalu yang tidak pernah dibuktikan secara hukum.