Ia memutuskan menjadi mualaf pada awal tahun 2000-an setelah melalui proses panjang pencarian spiritual.
Sejak menjadi mualaf, ia aktif berdakwah di berbagai tempat, dari masjid hingga acara televisi. Gaya ceramahnya yang tegas dan berani membuatnya mudah dikenal masyarakat luas.
Ia sering menyoroti isu sosial dan tidak segan menyampaikan kritik terhadap pemerintah maupun tokoh masyarakat melalui dakwahnya.
Meskipun demikian, perjalanan dakwah Yahya Waloni tidak lepas dari masalah hukum. Pada tahun 2021, ia sempat ditangkap karena dugaan ujaran kebencian berbasis SARA.
Kasus itu bermula dari ceramahnya yang menyebut kitab Injil sebagai kitab palsu. Ia ditangkap di rumahnya di kawasan Cibubur, Jakarta Timur, dan sempat menjalani proses persidangan.