Salah satu kegiatan yang menjadi unggulan adalah ekstrakurikuler karate yang secara rutin diikuti peserta didik.
Melalui kegiatan tersebut, sejumlah siswa berhasil mengikuti berbagai kejuaraan dan mengukir prestasi hingga tingkat nasional.
Pembinaan tidak hanya dilakukan pada bidang olahraga, tetapi juga mencakup penguatan karakter, literasi, dan pendidikan keagamaan.
Prestasi sekolah dalam beberapa tahun terakhir juga tercatat pada berbagai ajang kompetisi. Pada 2025, SDN 3 Kendari meraih juara 1 Lomba Tartil Qur'an tingkat Provinsi Sulawesi Tenggara. Capaian tersebut kemudian disusul prestasi lain pada 2026.
Di bidang literasi, siswa sekolah tersebut berhasil meraih juara harapan 2 pada Lomba Bertutur tingkat Kota Kendari. Sementara dalam bidang keagamaan, siswa SDN 3 Kendari meraih juara 1 Festival Sirah Nabawiyah se-Kota Kendari yang diselenggarakan Pesantren Al Askar pada 12 Juni 2026.