Suaranya menjadi tidak jelas sehingga hanya dapat dimengerti oleh orang yang mengenalnya dengan baik. Pada tahun 1985, dia terkena penyakit pneumonia dan harus dilakukan trakeostomi sehingga ia tidak dapat berbicara sama sekali.
Seorang ilmuwan Cambridge membuat alat yang memperbolehkan Hawking menulis apa yang ingin dia katakan pada sebuah komputer, lalu akan dilafalkan melalui sebuah voice synthesizer.
Sebagai akibat dari penyakit lumpuhnya yang tak kunjung membaik, Hawking hanya bisa berbicara dengan bantuan alat pensintesa suara dan nyaris benar-benar lumpuh.
Dia diberitakan mengalami masalah serius pada 2009 manakala dilarikan ke rumah sakit setelah jatuh sakit usai mengajar di Amerika Serikat. Namun setelah itu dia kembali ke Universitas Cambridge untuk menjadi direktur riset.
Meskipun mengalami cacat jasmani yang luar biasa dan mengalami tetraplegia (kelumpuhan) karena motor neuron disease, karir ilmiahnya terus berlanjut selama lebih dari empat puluh tahun. Buku-buku dan penampilan publiknya menjadikan dia sebagai seorang selebritis akademik dan teoretikus fisika yang termasyhur di dunia.