Dan untuk memenuhi keinginan dari dokter Soetomo, sesuai amanat yang disampaikan kepada adiknya dr. Soeratmo pada tgl 29 Mei 1938, sehari sebelum beliau wafat, dengan mengatakan bahwa:
“Kalau Tuhan Allah sungguh-sungguh akan memanggil saya pulang ke zaman baka, saya ingin sekali dikuburkan di halaman gedung nasional, diantara rakyat bangsaku”.
Maka kemudian beliau dimakamkan di kompleks Gedung Nasional Indonesia (GNI) di Surabaya. Kini, 93 tahun sudah jasadnya telah terkubur, namun masih banyak pesan dan pernyataan yang disampaikannya masih relevan hingga saat ini.
Seperti dalam tulisannya dalam “Soera Parindra” Jilid III tahun 1938 yang berjudul “Panggilan Iboe Pertiwi”, dokter Soetomo mengatakan bahwa “Seseorang haruslah berjuang tanpa mengharapkan adanya imbalan dengan segera, sebab berkorban adalah kewajiban yang pertama dan terutama atas setiap orang”.
Selanjutnya beliau mengatakan, bahwa: “Pemimpin yang tidak melahirkan pemimpin baru, bukanlah pemimpin. Pemimpin semacam itu telah kandas dengan pimpinan”.
