Namun, kondisi TPU Baruga yang belum tertata menjadi salah satu kendala dalam mengoptimalkan pemanfaatannya. Sementara itu, TPU Punggolaka dinilai lebih tertata karena telah menerapkan pengaturan tata letak makam.
Kondisi ini menjadi tantangan bagi Pemerintah Kota Kendari untuk mengoptimalkan kedua lokasi pemakaman, terlebih kebutuhan lahan terus meningkat setiap tahunnya.
Di tengah keterbatasan lahan, pengelola TPU Punggolaka berupaya menekan penggunaan area pemakaman melalui penataan ukuran dan tata letak makam.
Menurut pengelola, sebelum penataan diterapkan, penggunaan lahan pemakaman dapat mencapai sekitar 2 hektare per tahun. Kini, penggunaan lahan diperkirakan dapat ditekan menjadi sekitar 1 hektare per tahun.
Salah satu upaya yang dilakukan adalah membatasi pembangunan bangunan permanen atau penembokan makam. Berdasarkan keterangan pengelola, ketentuan yang berlaku mengarahkan makam menggunakan sistem rumput dan pelat nama tanpa bangunan tembok besar.