Candi yang dijadikan wisata ziarah umat Budha ini, pernah rusak karena bom dan bencana alam. Pada 21 Januari 1985, sembilan stupa rusak parah akibat bom oleh oknum yang beraliran ekstrem.
Selain itu, gempa bumi berkekuatan 6,2 Skala Richter yang mengguncang Jawa Tengah mengakibatkan kerusakan ringan pada candi ini. Gempa itu memang mengakibatkan banyak korban jiwa.
Debu vulkanik letusan gunung Merapi pada Oktober dan November 2010 sempat menutupi kompleks candi hingga ketebalan 2,5 centimeter. Karena itu, candi ini ditutup pada 5-9 November 2010 untuk dilakukan pembersihan. Proses rehabilitasi memakan waktu hingga enam bulan.
Baca juga: 3 Alasan Kucing Peliharaan Tidur di Dekat Pemiliknya
4. Artefak di Beberapa Negara