Di organisasi ini, beliau dipercaya menjabat sebagai ketua komisariat untuk lingkungan kampus IAIN Sunan Ampel Surabaya dan Daerah Surabaya Selatan. Selanjutnya, beliau juga dipercaya sebagai sekretaris dan ketua satu untuk Wilayah Jawa Timur (sekarang Koordinator Cabang). Selain aktif di PMII, pada awal tahun 1960-an, beliau juga menempa bakat keorganisasiannya di Ikatan Pemuda Nahdlatul Ulama (IPNU) Wilayah Jawa Timur, dan pada tahun 1964 dipercaya sebagai koordinator departemen mahasiswa dan perguruan tinggi wilayah Jawa Timur.
Selanjutnya, aktivitas Wahid muda bertambah padat. Karena saat itu, selain beliau menjadi Rektor Institut Agama Islam Nurul Jadid (IAINJ) di Paiton Probolinggo, beliau juga dipercaya menjadi anggota DPRD tingkat I Provinsi Jawa Timur melalui Partai Persatuan Pembangunan (PPP). Dan, karena padatnya kesibukan ini, maka kewajiban akademis (skripsi) beliau di IAIN Sunan Ampel sempat terbengkalai. Meski demikian, berkat dorongan dari sobat karibnya, Prof. Dr. Syaichul Hadi Purnomo, SH, akhirnya beliau bisa menyelesaikan tugas akhir tersebut.
Selesai ujian dengan nilai summa cumlaude (sempurna), beliau kemudian langsung diwisuda dan meraih gelar Doktorandus (S1) pada periode akademik 1990-1991. Sebelumnya, pada tahun 1984 beliau berhasil memperoleh gelar Sarjana Hukum (S1) di Universitas Darul Ulum (Undar) Jombang. Berjuang di NU Perjuangan Kiai Wahid di NU, diawali dengan ajakan kakak kandungnya, KH. Muh. Hasyim Zaini dan adik iparnya, KH. Hasan Abdul Wafi, untuk ikut aktif mengikuti kegiatan di organisasi NU.
Baca juga: Ma Kyal Sin: Berarti Hingga Mati
MENGASUH PESANTREN