Bangunan masjid ini mempunyai 4 kubah yang menjulang ke atas berwarna kuning keemasan, yang terdiri dari 1 kuba utama berukuran besar, kemudian 1 kuba lainnya terletak bgian belakang kuba utama, sedangkan 2 kuba sisanya adalah kubah kecil yang terpancang diantara dua menara sebelah kanan dan kiri sisi masjid.
Selain bentuk bangunannya yang mencolok, masjid ini juga ternyata menyimpan sebuah cerita mistis.
Dimana pada tahun 2018, seorang mualaf, bernama Jon Leon yang kala itu mengikrarkan dua kalimat syahadat, menuturkan bahwa dirinya menceritakan sebelum masuk Islam sekira 22 tahun yang lalu, ia sempat melihat dalam mimpinya, bahwa model masjid yang ada sekarang mempunyai kemiripan sama dengan apa yang disaksikannya dalam mimpi saat itu.
Baca Juga: Ini Besaran Zakat Fitrah 1442 Hijriah di Wakatobi
Kemiripan itu terlihat mulai dari bentuk masjid, warna, gambar, dan tulisan. Karena hal tersebutlah masyarakat meyakini arsitektur masjid raya At Taqwa saat ini, sudah tergambarkan dan nampak dalam mimpi seorang mualaf yang dalam perjalanannya ternyata menjadi sebuah kenyataan.