Yudian menyelesaikan pendidikan sarjananya di UIN Sunan Kalijaga pada Jurusan Peradilan Agama dan lulus pada tahun 1987. Ia kemudian melanjutkan pendidikan magister di Jurusan Islamic Studies dan meraih gelar tersebut pada tahun 1993 di universitas yang sama.
Baca Juga: Mengenal Lebih Dekat Desain Istana Garuda di IKN dengan 13 Bangunan Utama
Pada tahun 2002, Yudian memperoleh gelar doktor di bidang yang sama, namun kali ini dari McGill University di Kanada. Saat menjabat sebagai Rektor UIN Sunan Kalijaga, Yudian juga pernah membuat kebijakan yang kontroversial, yaitu melarang penggunaan cadar bagi mahasiswi di kampus Islam tersebut.
Kebijakan ini dituangkan di dalam Surat Keputusan B-1031/Un.02/R/AK.00.3/02/2018 tentang Pembinaan Mahasiswi Bercadar yang diterbitkan pada 20 Februari 2018. Kebijakan tersebut sempat menuai pro dan kontra di kalangan masyarakat dan mahasiswa.
Yudian beralasan bahwa pelarangan cadar bertujuan untuk menjaga ideologi mahasiswa dan mahasiswi UIN Sunan Kalijaga serta memudahkan proses belajar mengajar di kampus.