Dalam program tahfiz, sekolah menargetkan setiap lulusan menghafal minimal tiga juz Al-Quran. Namun, sejumlah siswa mampu mencapai hafalan lima hingga tujuh juz.
SMP Swasta Hidayatullah Kendari juga memiliki program takhassus tahfiz. Melalui program tersebut, siswa memperoleh waktu lebih banyak untuk menghafal Al-Quran sebelum mengikuti pembelajaran reguler menjelang ujian sekolah.
Sistem pendidikan di sekolah mengintegrasikan tiga lingkungan, yakni sekolah, asrama, dan masjid. Ketiganya saling melengkapi dalam membentuk karakter dan meningkatkan kompetensi siswa.
Baca Juga: SDN 97 Kendari Kekurangan 6 Ruang Kelas masih Terapkan Belajar Pagi dan Siang
Di sekolah, siswa mengikuti pembelajaran akademik sesuai kurikulum nasional. Di asrama, pembinaan lebih difokuskan pada pembentukan akhlak, kedisiplinan, dan kemandirian.