Pada 1968, Hamad kembali ke Bahrain dan berperan dalam pembentukan Angkatan Pertahanan Bahrain.
Saat Bahrain merdeka pada 1971, Hamad ditunjuk sebagai Menteri Pertahanan. Dalam perannya ini, ia bertanggung jawab atas pengembangan angkatan bersenjata Bahrain.
Ia juga menerima pelatihan militer di Amerika Serikat pada awal 1970-an untuk meningkatkan kemampuannya dalam strategi pertahanan.
Sebagai Menteri Pertahanan, Hamad mengawasi perluasan militer Bahrain, termasuk pembentukan angkatan udara negara tersebut. Di bawah kepemimpinannya, Bahrain meningkatkan kerja sama pertahanan dengan negara-negara lain.